# 补充文件说明（中文版）

## 概述

本补充材料包提供与论文配套的补充图、表、方法说明、质粒与菌株清单、遗传元件序列、定量表征数据集，以及完整质粒图谱压缩包的获取信息。

## 文件清单

### 补充信息

**附件-面向大肠杆菌和酿酒酵母标准化构建、基因组整合与定量测试的工具包.docx**

包含支持大肠杆菌（*E. coli*）和酿酒酵母（*S. cerevisiae*）工具包构建、基因组整合、遗传元件表征及转录调控系统测试的补充图、表和方法说明。相关文件随稿件单独提交。

### 质粒、菌株与元件清单

**Plasmids_collection_E.coli.xlsx**

列出工具包中的大肠杆菌（*E. coli*）菌株、质粒、骨架载体和遗传元件。该工作簿还提供 96 孔板板位，以及遗传元件序列及其来源或参考文献。

**Plasmids_collection_S.cerevisiae.xlsx**

列出工具包中的酿酒酵母（*S. cerevisiae*）质粒、骨架载体、遗传元件及相关菌株。该工作簿还提供 96 孔板板位和遗传元件序列。

### 定量表征数据

**Supplementary_data_E.coli.xlsx**

以表格形式提供支持大肠杆菌（*E. coli*）启动子、核糖体结合位点、终止子、荧光蛋白和转录调控系统定量表征的测量数据。该工作簿在适用情况下包含荧光、光密度、光谱扫描及归一化后的 RPU 或 REU 数值。

**Supplementary_data_S.cerevisiae.xlsx**

以表格形式提供支持酿酒酵母（*S. cerevisiae*）启动子、终止子、荧光蛋白和转录调控系统定量表征的测量数据。该工作簿在适用情况下包含荧光、光谱扫描、诱导剂响应及归一化后的 RPU 数值。

### 质粒图谱

**Kits_plasmids_map.zip**

完整的 240 个质粒图谱（大肠杆菌 *E. coli* 121 个，酿酒酵母 *S. cerevisiae* 119 个）可从 Polaris Kit Assembly 的 GitHub 仓库获取：

[Polaris Kit Assembly GitHub 仓库](https://github.com/ChenYe-Lab/PolarisKitAssembly)

压缩包包含 `Kits_plasmids_map/E.coli/` 和 `Kits_plasmids_map/S.cerevisiae/` 两个目录。图谱文件名与两份质粒清单工作簿中列出的质粒编号对应。

## 命名规则

* 以 `pEc` 开头的质粒编号属于大肠杆菌（*E. coli*）工具包。
* 以 `pSc` 开头的质粒编号属于酿酒酵母（*S. cerevisiae*）工具包。
* 质粒类型、组装层级、骨架、选择标记和功能描述的详细信息见对应的质粒清单工作簿。
* 图谱文件名以质粒清单工作簿中的质粒编号为依据。

## 数据解释

* RPU 表示相对启动子单位（relative promoter unit）。
* REU 表示相对表达单位（relative expression unit）。
* TF 表示转录因子（transcription factor）。
* OD 表示光密度（optical density）。
* 在适用情况下，重复测量数据分别列于不同列中。
* 归一化或背景扣除后可能出现负值。这些数值予以保留，而非截断。解读此类数值时，应参考各工作簿中的具体说明。

## 已提供数据的范围

补充数据工作簿包含用于支持论文图表和结论的表格化测量数据，以及经过处理或归一化的数值。仪器原生文件、完整的流式细胞术事件数据文件及分析代码不包含在本材料包中，除非通过数据存储库另行提供。

## 联系方式

有关补充文件的问题，请联系：

**Ye Chen**

邮箱：chenye.h.ai@gmail.com

**Lili Liu**

邮箱：liulili@suat-sz.edu.cn

**数据库联系方式**

数据库专用邮箱：synbio.db@siat.ac.cn